വൈശേഷികന്മാരും സാംഖ്യന്റെ സൂക്ഷ്മശരീരകല്പനയെ അംഗീകരിക്കുന്നില്ല. ഭ്രൂണവികാസത്തിന് അതാവശ്യമാണെന്നും അവര് കരുതുന്നില്ല. ശ്രീധരാചാര്യന്റെ ന്യായകന്ദളിയില് വൈശേഷികരുടെ നിലപാട് വ്യക്തമാക്കുന്നുണ്ട്. ശുക്ലശോണിതങ്ങള് കൂടിച്ചേര്ന്നു കഴിഞ്ഞാല്ഗര്ഭാശയത്തിലെ ചൂടുകൊണ്ട് അവയുടെ ഘടകങ്ങളായ അണു(ആറ്റം)ക്കളുടെ നിറം, ആകൃതി തുടങ്ങിയവയില് മാറ്റങ്ങള് വരുന്നു. പഴയ ഗുണങ്ങള് പോയിട്ട്പുതിയവ ഉണ്ടാകുന്നു. ഈ അണുക്കള് കൂടിച്ചേര്ന്ന് ദ്വ്യണുക (രണ്ട് അണുക്കളുടെ സംഘാതം) ങ്ങളും ത്ര്യണുക (മൂന്നണുക്കളുടെ സംഘാതം) ങ്ങളും ഉണ്ടാകുന്നു. അങ്ങിനെ ഭ്രൂണം വളരുന്നു. അത്തരം ഒരു ശരീരംഉണ്ടായിക്കഴിഞ്ഞാല് മനസ്സ് അഥവാ അന്തഃക്കരണം ആ ശരീരത്തില് പ്രവേശിക്കുന്നു. കേവലം ശുകഌരക്തസംയുക്തത്തില് മനസ്സിന് കുടിയേറാന്കഴിയുകയില്ല.
അതിന് ആശ്രയിക്കാന് ഒരു ശരീരം കൂടിയേ തീരൂ (ന തുശുക്രശോണിതാവസ്ഥായാം ശരീരാശ്രയത്വാന്മനസഃ). അമ്മ കഴിക്കുന്ന ഭക്ഷണം രസരൂപത്തില് അല്പാല്പമായി ചെന്ന് ആ ശിശുശരീരത്തെ ക്രമേണ പോഷിപ്പിക്കുന്നു. പിന്നെ അദൃഷ്ടം എന്ന അദൃശ്യശക്തിയാല് ഈ ഭ്രൂണം ഗര്ഭാശയത്തിലെ ചൂടുമൂലം പ്രത്യേകം പപ്രത്യേകം അണുക്കളായി വിഘടിക്കപ്പെടുന്നു. ഈ അണുക്കളും ഭക്ഷണരസത്തിലെ അണുക്കളും കൂടിച്ചേര്ന്ന് പുതിയ ദേഹമുണ്ടാകുന്നു. ഈ കാഴ്ച്ചപ്പാടനുസരിച്ച് ഭ്രൂണത്തിന്റെ രൂപപ്പെടലില് സൂക്ഷ്മശരീരത്തിനോ മനസ്സിനോ യാതൊരു പങ്കുമില്ല. ഗര്ഭാശയത്തിലെ ചൂടാണ് ഭ്രുണപരിണാമഘട്ടങ്ങളിലെ വിഘടനത്തിന്റെയും സംഘടനത്തിന്റെയും മുഖ്യപ്രായോജകന്.
ന്യായദര്ശനം ആകട്ടെ ഇതിനെ ഒരു പ്രധാനപരിഗണനാവിഷയമായി കരുതുന്നില്ല. എന്നാല് സൂക്ഷ്മശരീരകല്പനയെ അവരും തള്ളിക്കളയുന്നു. ന്യായദര്ശനമനുസരിച്ച് ആത്മാവ് സര്വവ്യാപി (വിഭു)ആണ്. മേല്പ്പറഞ്ഞ മഹാഭാരതത്തിലെ വചനം ആലങ്കാരികം മാത്രമാണെന്നാണ് അതിന്റെ നിലപാട് (തസ്മാന്ന ഹൃത്പുണ്ഡരീകേ യാവദവസ്ഥാനമാത്മനഃ അത ഏവ അംഗുഷ്ഠമാത്രം പുരുഷം നിഷ്ചകര്ഷ ബലാദ്യമ ഇതി വ്യാസവചനം ഏവം പരമവഗന്തവ്യം ജയന്തഭട്ടന്റെ ന്യായമഞ്ജരി). നൈയായികദൃഷ്ടിയില് പുനര്ജന്മത്തില് ഈ വിഭുവായ ആത്മാവ്് ഒരു പ്രത്യേകശരീരവുമായി ബന്ധപ്പെടുന്നു എന്നേയുള്ളു(യ ഏവ ദേഹാന്തരസംഗമോസ്യ തമേവ തജ്ഞഃ പരലോകമാഹുഃ ന്യായമഞ്ജരീ).
